Nowa inwestycja, która pochłonie kilkaset milionów złotych zakłada stworzenie Szybkiej Kolei Aglomeracyjnej na tracie Wieliczka – Balice. Planuje się, że pociągi będą przejeżdżały ten odcinek w czasie nie dłuższym niż czterdzieści minut. Budowa Szybkiej Kolei Aglomeracyjnej będzie wymagała wielu przygotowań. Modernizacji ulegną torowiska między Kraków Główny – Kraków Mydlniki – Balice oraz między Kraków Główny – Bieżanów – Wieliczka.
Na tę chwilę odbywają się przede wszystkim prace studialne, które mają rozstrzygnąć ile będzie chociażby przystanków na trasie z Wieliczki do Balic. Są to istotne kwestie, ponieważ od wyniku obecnych prac studialnych zależeć będzie koszt biletu czy prędkość z jaką będą się poruszały pociągi.
Aby spełnić wymagania SKA, pociągi będą musiały poruszać się z prędkością przynajmniej 80 km/h. Typowe prace remontowo – budowlane zaplanowano na przyszły 2011 rok. Modernizacja samego odcinka z Krakowa Gł. do Balic oraz powstanie końcowego przystanku tuż obok terminalu lotniska, będzie kosztowało blisko 300 milionów złotych. Projekty SKA objęte są jak informuje dyrektor PKP Polskie Linie Kolejowe SA, unijnym dofinansowaniem.
Przebudowie ulegnie również odcinek z Wieliczki do Bieżanowa, który pochłonąć ma około 60 milionów złotych. W Wieliczce zarówno przy przystanku końcowym Wieliczka Rynek jak i przy przystanku „dworcowym” mają powstać parkingi typu park & ride. Inicjatywa ta zakłada, aby pozostawić tutaj samochody i przesiąść się na SKA, która w czasie poniżej 40 minut dowiezie nas na krakowskie lotnisko.