Zabytkowy Kościół Św. Sebastiana wybudowano w XVI w. jako wotum wdzięczności za ocalenie z epidemii cholery. Konsekracji świątyni dokonał 29 czerwca 1598 r. kard. Jerzy Radziwiłł. Miejsce, na którym stoi ten niewielkich rozmiarów drewniany Kościół było cmentarzem gdzie grzebano zmarłych z powodu wspomnianej epidemii.
W roku 1517 wybuchła reformacja. W latach następnych szerzyły się coraz to nowe herezje, które napływały także do Polski. Wiek XVI i XVII był okresem upadku religijnego, moralnego i ekonomicznego Wieliczki. W 1623 roku radni miasta i zarząd salin prosili więc zreformowanych franciszkanów (nie mających nic wspólnego z reformacją) o ratunek. W 1626 roku w Wieliczce stanął kościół franciszkański.
Kościół Św. Klemensa w Wieliczce sięga swoją genezą XI w. W roku 1059 (!) kaplica Św. Klemensa została przebudowana na drewniany Kościół. Niestety spłonął on- podobnie zresztą jak miasto- w roku 1241 w czasie najazdu Tatarów. Odbudowa świątyni rozpoczęła się blisko 40 lat później…