W roku 1517 wybuchła reformacja. W latach następnych szerzyły się coraz to nowe herezje, które napływały także do Polski. Wiek XVI i XVII był okresem upadku religijnego, moralnego i ekonomicznego Wieliczki. W 1623 roku radni miasta i zarząd salin prosili więc zreformowanych franciszkanów (nie mających nic wspólnego z reformacją) o ratunek. W 1626 roku w Wieliczce stanął kościół franciszkański.

Jego konsekracji dokonał sufragan krakowski bp Mikołaj Lipnicki. Pomoc dla budowy świątyni płynęła od króla Zygmunta III Wazy. W latach 1650-1655 dzięki pomocy wielickiego żupnika Sebastiana Koszuckiego wymurowano tu klasztor (była to pierwsza murowana świątynia reformatów w Polsce). Niestety 2 kwietnia 1718 r. spłonął kościół i budynki klasztorne, ale już trzy lata później je odbudowano. Konsekracji nowej świątyni 28 sierpnia 1721 r. dokonał biskup kijowski Jan Tarło. Wyposażenie wewnętrzne kościoła pochodzi z XVIII w. W latach 1927-1928 po zachodniej stronie gmachu klasztornego pojawił się dwupiętrowy budynek, w którym od 1934 r. mieści się Studium Filozoficzno-Teologiczne im. św. Bonawentury. W roku 1939 na piętrze wzniesiono nowy chór zakonny.

W klasztorze mieści się wiele zabytkowych dzieł. Najważniejszym z nich jest, znajdujący się w Kaplicy Matki Bożej dobudowanej w 1989 r., Obraz Matki Bożej Łaskawej Księżnej Wieliczki namalowany ok. 1640 r. Obraz Ten w dniu 4 czerwca 1995 r. został uczczony koronami poświęconymi przez Ojca Świętego Jana Pawła II.

Na jubileusz 2000 lat chrześcijaństwa z inicjatywy o. Ludwika Kurowskiego postawiono w obrębie wielickiego klasztoru kopię kaplicy Porcjunkuli, odbudowanej w XIII w. przez św. Franciszka w Asyżu. Wielicką kapliczkę poświęcił 11 czerwca 2000 r. metropolita krakowski ks. kard. Franciszek Macharski.
Z klasztorem Franciszkańskim w Wieliczce związany był przez 61 lat (1878-1939) Sługa Boży Br. Alojzy Kosiba. Wieliczanie modlą się o beatyfikację tego wspaniałego człowieka. Obecnie obchodzimy 70 rocznicę urodzin dla Nieba brata Alojzego.

Świątynia O.O. Franciszkanów w Wieliczce to Kościół pw. Stygmatów św. Franciszka z Asyżu, ale- ze względu na wspaniały obraz Świętej Dziewicy- figuruje jako Sanktuarium Matki Bożej Łaskawej Księżnej Wieliczki.
Sylwetki Św. Franciszka z Asyżu chyba nie trzeba nikomu przedstawiać. Przypomnimy tylko, że ten wielki Święty dokonał odnowy duchowej Kościoła w XIII w.
Aktualnie rozpoczęto prace remontowe na zewnątrz kościoła. Odnowiono również kapliczki w ogrodzie.