Zabytkowy Kościół Św. Sebastiana wybudowano w XVI w. jako wotum wdzięczności za ocalenie z epidemii cholery. Konsekracji świątyni dokonał 29 czerwca 1598 r. kard. Jerzy Radziwiłł. Miejsce, na którym stoi ten niewielkich rozmiarów drewniany Kościół było cmentarzem gdzie grzebano zmarłych z powodu wspomnianej epidemii.

Na jubileusz 200-lecia świątynia została rozbudowana i odrestaurowana. W latach 1903-1910 r. kolejnej odnowy polichromii dokonał Włodzimierz Tetmajer, a projektantem witraży był bratanek Jana Matejki, Stanisław. Na jubileusz czterech wieków istnienia, kościół ponownie został odrestaurowany. W Milenijnym Roku 2000 obok kościoła odsłonięto Pomnik Tysiąclecia, który jest Wotum Dziękczynnym dla uczczenia dwudziestu wieków chrześcijaństwa. W kościele znajdują się również obrazy z okresu od XVI do XVIII wieku. Przy kościele mieści się też rektorówka z kaplicą. Kościół Św. Sebastiana w Wieliczce tak samo, jak drewniane kościółki w Podstolicach i Grabiu znajduje się na Szlaku Architektury Drewnianej. Przed kościołem rozciąga się wspaniała panorama miasta. Kościół Świętego Sebastiana w Wieliczce jest drugim najważniejszym zabytkiem naszego Solnego Mista, chociaż niewielu jest tego świadomym! Ale jak mawiał poeta: „Cudze chwalicie, swego nie znacie, Sami nie wiecie, co posiadacie”… Patron kościoła, Święty Sebastian żył w III w. był męczennikiem za czasów cesarza Dioklecjana, zginął w obronie Chrystusa, prawdopodobnie w 287 r. Jest m.in. patronem w chorobach zakaźnych, inwalidów wojennych, kamieniarzy, ogrodników, strażaków, strażników, strzelców i żołnierzy oraz orędownikiem w czasie epidemii (nie przypadkowo więc Kościół nazwano jego imieniem).