Na jubileusz 200-lecia świątynia została rozbudowana i odrestaurowana. W latach 1903-1910 r. kolejnej odnowy polichromii dokonał Włodzimierz Tetmajer, a projektantem witraży był bratanek Jana Matejki, Stanisław. Na jubileusz czterech wieków istnienia, kościół ponownie został odrestaurowany. W Milenijnym Roku 2000 obok kościoła odsłonięto Pomnik Tysiąclecia, który jest Wotum Dziękczynnym dla uczczenia dwudziestu wieków chrześcijaństwa. W kościele znajdują się również obrazy z okresu od XVI do XVIII wieku. Przy kościele mieści się też rektorówka z kaplicą. Kościół Św. Sebastiana w Wieliczce tak samo, jak drewniane kościółki w Podstolicach i Grabiu znajduje się na Szlaku Architektury Drewnianej. Przed kościołem rozciąga się wspaniała panorama miasta. Kościół Świętego Sebastiana w Wieliczce jest drugim najważniejszym zabytkiem naszego Solnego Mista, chociaż niewielu jest tego świadomym! Ale jak mawiał poeta: „Cudze chwalicie, swego nie znacie, Sami nie wiecie, co posiadacie”… Patron kościoła, Święty Sebastian żył w III w. był męczennikiem za czasów cesarza Dioklecjana, zginął w obronie Chrystusa, prawdopodobnie w 287 r. Jest m.in. patronem w chorobach zakaźnych, inwalidów wojennych, kamieniarzy, ogrodników, strażaków, strażników, strzelców i żołnierzy oraz orędownikiem w czasie epidemii (nie przypadkowo więc Kościół nazwano jego imieniem).
Kardynał Karol Wojtyła, stojąc na progu kościółka Św. Sebastiana, wypowiedział następujące słowa: "Cóż za urocze miejsce!"
Kościół Św. Sebastiana w Wieliczce otrzymał również pomoc finansową w ramach dotacji przyznanych na przeprowadzenie prac konserwatorskich, restauratorskich bądź robót budowlanych przy zabytkach z terenu Gminy Wieliczka wpisanych do rejestru zabytków. I tak oto do kościoła św. Sebastiana w Wieliczce trafiła dotacja w wysokości 110 000 złotych na opracowanie geologiczne badań technicznych podłoża, remont i wzmocnienie fundamentów Kościoła wraz z odwodnieniem oraz opracowanie projektów wykonawczych. Kolejna dotacja w wysokości 177 000 złotych została przyznana na sfinansowanie zabezpieczenie substancji zabytkowego Kościoła Rektoralnego pw. św. Sebastiana w Wieliczce – remont ścian zewnętrznych zakładający wykonanie nowego szalowania drewnianych ścian kościoła, remont więźby dachowej z wykonaniem nowego pokrycia gontowego wraz z detalami dekarskimi
Poniżej zamieszczamy zdjęcia kościoła św. Sebastiana w Wieliczce przed wykonanymi pracami konserwatorskimi oraz po ich zakończeniu.
